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问得太广了吧，你要采什么样的信号，打算使用什么单片机什么型号的FPGA，然后才能比较啊。

个人观点：Fpga集成很多电路，好像没有单片机稳定，以前听人说过

单片机属于CPU类型的，FPGA是数字电路 一般来说，在同一时刻，单片机只能做一件事。 用单片机去采集数据的时候，在采集的操作过程中，要用单片机去控制，也就是说要占用CPU的时间。用FPGA的话，只需要写一个采集数据的电路，这个数字电路能完成固定的功能，也就是采集数据。要占用一定的逻辑资源。 总结起来，用单片机要消耗时间，用FPGA要占用空间。 也可以说，用单片机就是用软件，用FPGA就是用硬件。 这是一对矛盾啊。要具体问题具体分析了。 另外，我觉得FPGA在时钟上要比单片机灵活得多。比如说单片机执行一个指令的时间如果比你所需的采样周期还长得话，用它就不行了。

各有优势

单片机好，成本低。

用单片机要消耗时间，(www.wo96.com )用FPGA要占用空间。 用单片机就是用软件，用FPGA就是用硬件。(http://www.jy417.cn/index.asp)

单片机成本低

看成本和使用场景

各有各的优势